１．駅の基本構造

　南西急行には東京線系に32（恵比寿・目黒台線2駅・神宮線2駅・美咲を含み、神津は1駅としてカウント）、青海線系に23（美咲含まず）、水澄線系に22（同）、合計で77の駅がある。そのうち高架駅は28駅、地下駅は5駅（恵比寿・窯硅院・目黒台・神津・美咲空港。なお、神津は高架駅と地下駅でそれぞれ1つずつカウント）で、その他は地平駅である。

２．改札

　南西急行は平成3年度までに全改札口の自動化を完了し、平成14年11月からはSuicaの使用を開始した。他社線との接続駅では原則として改札を分離しており、直通運転を行っている恵比寿駅（新東京メトロ谷町線）や八浦駅（八浦鉄道）以外では水澄駅（水澄登山電鉄）のみである。

３．出札

　乗車券類の発売は自動券売機を基本する。特急通過駅であっても、近傍の特急停車駅からの座席指定券を発売しており、特急の需要拡大を図っている。主要駅には営業区が直轄で運営する営業所を併設し、全国のＪＲ券や航空券等を発売している。

４．トイレ

　駅のトイレを清潔に保つことは各鉄道事業者の共通の課題だが、南西急行ではトイレの個室をFRP製の密閉ユニットとして、汚された場合に室内全体を高圧水で洗浄できるようにしている（洗浄後は熱風で乾燥させる）。そのため、トイレットペーパーは備えておらず、入口の自動販売機で購入する（これが事実上の使用料になる）。車椅子対応のトイレは専用個室を設ける方式で、東京線のほぼ全駅と青海線・水澄線の主要駅にある。

５．バリアフリー設備

　いわゆるバリアフリー化は東京線内から進められており、各ホームに上下方向のエスカレータ各1基およびエレベータ1基を設置することを基本としている。エレベータは主にスルー型のものを使用し、車椅子の方向転換を不要としている。エスカレータは、上昇速度を通常の30m/分に対して40m/分に設定しており、好評を得ている。

６．案内表示

　駅の案内表示はよく「多過ぎてかえって判りにくい」と批判されることが多いが、南西急行ではコストダウンの目的もあって、番線表示・発車時刻表示を一体化した表示装置を使用している。主要駅はフルカラーLEDまたは液晶パネル式の表示装置に更新が進んでいる。

　案内表示器に表示される▲●◆のマークは、ホームの足元にある乗車位置目標を表している。▲が３扉の一般用・急行用車両、●が２扉の特急用車両、◆が４扉の通勤用車両。

７．ホームドア

　南西急行電鉄（正確にはその前身の湾岸急行電鉄）は、湾岸新線建設時に、高速運転時の安全対策として新設駅に安全柵とホームドアを設置した。安全柵はホーム端から1.5mのところに設けられ、車両とホームのドア位置が大きくずれても乗降に支障が無いようになっている。現在この設備を有しているのは窯硅院、目黒台、紅林（急行線ホーム）、乾（ホームの急行線側）、狩野、日ノ出町、海浜公園（ホームの本線側）、新長坂、安本、新成原（ホームの本線側）、関浜、館川町、水澄東口、青海ヶ浦の各駅である。

　これらの駅のホームドアは一般用車両・急行用車両（3扉車）に合わせて設置されている。選択開閉機能を備えており、2扉車が到着した場合は中央のドアは開けず、4扉車の場合は全てのドアを開ける。開く／開かないの判断はホームに仕込まれた速度センサーに拠っており、列車がある程度減速している場合に開けるようになっている。そのため、本線を列車が極低速度で通過する場合でもドアを開けてしまうケースがあるが、通過列車の車内で緊急事態が発生して臨時停車することも想定されるので、乗客の脱出を妨げないようにこのような動作としている。ドアを閉めるのは列車の最後尾がホーム中央から離れたときである。ただし、ホームの端部と柵の間のエリア（オレンジゾーンと呼ばれている）に人が取り残された場合に備え、オレンジゾーン内のドアの前に重量センサを埋め込み、センサが動作すると当該のドアのみを開ける仕組みを備えている。

　一方、2019年度以降に増設されるホームドアは「新型」とされ、ホームに広いスペースが必要な従来型に対して車体により近づけた形で設備される。主に3扉車が発着するホームには3扉タイプ、主に4扉車が発着するホームには4扉タイプが設けられ、車体とホームドアの扉配置が合わない場合には、車両側・ホームドア側で位置が合うドアのみを開けるように制御される。また、車両側ドアとホームドアの開閉も連動するようになる。詳細はホームドア整備計画を参照されたい。

　なお、南西急行では、ホームドアを設けていない駅への整備をひととおり済ませた後、「従来型」を設備している駅も順次「新型」に更新する、としている。

８．列車非常停止装置

　緊急時に列車を外部から停止させるため、全駅のホーム上に片側4ヶ所の非常停止ボタンを設けている。ボタンを叩くと大音響で警告音が鳴り響き、防護無線装置でレベル4の非常停止信号を発信する。なお、いたずら対策として、ボタンを押した人の写真を撮る機能があり（警告表示もなされている）、実は他社の同種の設備よりも高度な装置になっている。

９．防犯カメラ

　南西急行の設備上の特徴の一つに、高度な防犯システムが挙げられる。防犯カメラはおよそ全駅の改札口・階段・エスカレータ・エレベータ・トイレ出入口等を撮影している。監視モニタは各駅の事務室のほか本社の旅客指令にもあり、主要駅の乗客の流れを監視するのに使用している。