１．日中のダイヤ

　水澄線のダイヤは下表の列車がそれぞれ30分ヘッドで運転されるパターンが基本となっている。全体的に青海線のダイヤを15分後ろにずらした形であり、終電の時間が青海線より遅い点が歓迎されている。

　従来、普通Bは静町で急行を待避していたが、平成21年10月ダイヤ改正で急行・特急が合わせて15分間隔になるようにパターンが変更され、普通Bが終着駅まで逃げ切るようになった。

　また、平成24年7月ダイヤ改正から水澄東口（八色ノ滝から改称）に設けられた大型駐車施設「パークターミナル水澄東」のアクセス用に、水澄東口～水澄間をシャトル運転する快速が30分間隔で運転されている。詳細については別項を参照。

２．平日朝ラッシュ時

　水澄線も、青海線のダイヤと同様に朝ラッシュ時間帯は神津・東京への流れと美咲への流れに分けることができる。前者に対応する列車は、矢積発車場面で06:10～07:40の90分間に下表のように運転され、1時間あたり14本の運転本数となる。なお、矢積→渋谷の快急3本は本来は御幸台始発にできるのだが、矢積からの利用客に着席機会を提供するため同駅始発で設定されている。それ以外の御幸台検車区からの出庫列車は全て御幸台始発となっている。

　その後の時間帯は、美咲への通勤の流れが強まり　矢積発車場面で07:40～08:40の60分間に下表の列車を運転して対応している。

３．平日夕方ラッシュ時

　平日の夕方ラッシュ時のダイヤも青海線と同様の構成である。上り列車では、矢積→美咲の普通が区急に置き換わり、さらにラスト3本の特急が水澄→矢積間は普通として運転されるなど、輸送力調整のための変則ダイヤが適用される。

４．金曜ダイヤ

　平成25年12月ダイヤ改正から金曜ダイヤが導入され、所定の終電の30分後に、美咲→御幸台間および矢積→美咲間に普通（8両編成）が増発されている。また、美咲始発22:40・23:10の御幸台行普通が新宿始発の区急に変更されるようになった。

５．休日ダイヤ

　青海線と同じく、休日の朝方は、平日夕方ラッシュ時のダイヤを反転させたパターンになる。水澄→美咲の普通が準急に立て替えられ、さらに御幸台→渋谷の区急が増発される。また、普通は8両に増結される。朝時間帯上り線の1時間あたり運転本数を下表に示す。

　日中以降は、平日日中のパターンを繰り返すが、夜間時間帯の美咲→御幸台の普通の一部は、車両運用の関係で急行用車両で運転される。また、平日ダイヤの特急の一部区間普通運転は休日には行われない。

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